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万历三十二年(1604),李日华因母亲去世,按制回乡守丧,并因要终养老父,上疏乞请归田获准,开始了长达二十余年的乡居休闲生活。
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汪胡桢在九旬高龄时还十分关心黄河的治理和长江三峡的开发,不顾年老体迈,在一耳失聪,左眼失明,右目在高倍放大镜下视力只有0.1的情况下,仍坚持学术研究,先后著有《水工隧洞的设计理论和计算》、《地下洞室的结构计算》。
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明天启四年(1624)六月,朝廷授李日华北膳司主事,十二月又升为尚宝司丞,但他厌恶魏忠贤等宦官当道,迟至次年二月才履新。
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在处理历史上的民族关系、中外关系和疆域边界等问题上,他始终坚持在尊重历史事实的前提下,努力做到有利于国家统一和民族团结。
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后来,他又将春波门外的住宅租借出去以资家用。
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李日华对煮茶之水极为讲究,他曾发起一批讲究茶道的朋友,聚钱雇人从无锡惠山每月运送一次“天下第二泉”的泉水,用以烹茶,并为其在甪里街的一处建筑取名味水轩。