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同治四年(1865),南门城楼重建,翌年又修建了大西门和小西门以及南门月城。
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同治九年(1871),修整南湖里的建筑,新建八咏亭;光绪元年(1875),嘉兴至苏州、杭州的塘路全面修复,并修建和重建城乡桥梁52座。
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知府许瑶光这样描述嘉兴之荒凉破败:“我自杭州来禾郡,沿途二百里无人家,但见石垒峨峨据关隘……白骨侵水横卧沙”;城中“屋破人归少,烧多草长疏”,“昔日名城今瓦砾,青草蓬篙助寂寥”,“华屋一炬付”;农村“鸳湖兵火色凄凉,千村万落连饥荒”;海塘决堤,“更怜海塘缺,斥卤苦溪鱼”;文物毁灭,“今年秀州居,城中无片纸”,整个嘉兴一派萧条。
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自道光二十年(1840)起,嘉兴战乱不断,尤其是咸丰、同治年间,太平军与清军发生多次激战,城乡破坏及人口死亡达到空前程度。
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也是因为地处要冲,交通方便,当时嘉兴运河里南来北往的船只络绎不绝,嘉兴城池充当成为区域间商品流通中心和连接城乡市场纽带的角色。