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开始,府县一级由军事将领兼理行政,嘉兴由听王陈炳文管理,下由王府各部和司的官员具体管理,后来在嘉兴设总制,为行政长官。
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6月15日太平军将领李世贤在王江泾击败清提督江长贵,进占嘉兴府城,清嘉兴知府张玉藻弃城逃走,李世贤命敕天义陈坤书、朗天安陈炳文守嘉兴。
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三月三十一日,一直支持清方的英文《上海纪事报》报道说:“不出我们所料,嘉兴府弃守后,程的军队进行了令人发指的可怕暴行,城中不幸的居民被勒令负载劫掠的物资至城外清军防线,到达之后,马上斩首”。
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清同治二年(1863),英国人呤俐曾到嘉兴,他记述说:城内的组织工作极为完善,一切事情的进行如同时钟一样准确,户不上闩,因为城里小偷、乞丐和盗匪一概绝迹。
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同治三年(1864),在战火中被毁坏的北门城垣被修复,并修葺了东、西、南各城门,兴建了嘉秀育婴堂。
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此后,南宋在江南的偏安局面获得稳定,嘉兴很快平复了创伤,在几十年中发展到了繁荣的高峰。